O&O Defrag prend en charge NTFS et FAT et laisse le choix de la technique utilisée. « Space Defragment » tente de défragmenter les fichiers et de consolider l"espace libre. « Complet Defragment » en fait de même, mais inclut une réorganisation des fichiers sur l'ensemble du volume, par ordre alphabétique ou date croissante.

L'exécution du programme peut être planifiée via le service NT Scheduler. Par ailleurs, une défragmentation programmée pendant le démarrage du système, permet de traiter les bases de données, la base des registres ainsi que tout fichier ouvert en permanence lors d'une session. Il peut se contrôler en ligne de commande via laquelle il est possible de lancer l'opération à partir de fichiers batch ou d'autres services de planification.