Le titre se situera scénaristiquement après les événements de Kingdom Hearts II, lorsque Jiminy Cricket se rend compte que son journal rédigé au cours des aventures du premier volet contient un étrange message final. Suite à la concertation avec le roi Mickey, ils décidèrent de revenir sur les faits passés afin de percer ce mystérieux secret. Dans ce monde parallèle se trouve un second Sora que le joueur contrôlera pour de nouvelles aventures.
L'épisode met ainsi en avant un univers similaire au premier épisode, le gameplay des combats sera cependant sensiblement le même que Birth By Sleep. Kingdom Hearts Re : Coded vient d'être daté au 7 octobre 2010 au Japon et exclusivement sur DS.