Baptisé Naruto Shippuden : Nin Rittai Emaki Saikyou Ninkai Kessen!!, ce nouvel épisode se présente comme un jeu d'aventure mêlé de combats et de phases de plate-forme en scrolling horizontal. Il sera possible d'évoluer sur deux plans de profondeur, permettant ainsi de découvrir des zones cachées, ou esquiver les attaques ennemies. L'affichage en 3D relief sera surtout effectif dans le cadre de l'amorce des attaques spéciales faisant appel à d'importantes quantités de chakra. À noter que le scénario fera apparaître des personnages inédits du manga et de l'animé.
Naruto 3DS sera disponible le 31 mars 2011 au Japon.
